鬼医弟子吴通（张卫健饰）为了逃避年纪比他大许多的未婚妻牛娃（郑裕玲饰），成婚当日逃走，巧遇微服出游的天香公主（张曼玉饰）和贴身侍卫（吴君如饰），三人发生争执，此时独孤贞出现解围。 暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。